“公推直选”作为基层党内选举制度改革的探索之举，其积极效果和创新精神已得到多方肯定，党的十七大通过的《党章》（修正案）对党的基层委员会，总支部委员会，支部委员会书记、副书记选举程序的修改，更是为基层党组织“公推直选”改革提供了法规和制度空间。
        “公推直选”相对于过去单一由上级党组织提名候选人并采取多层次间接选举方式，实现了由党员、群众推荐并由党员直接选举产生基层党组织领导班子成员的突破。但“公推直选”在候选人产生、确定和直选环节上的突破，也对原有的权力结构及其运行体系产生了连带影响，并引起诸多连锁反应。
        “公推直选”需要理顺基层党政职责和分工
        基层党政职能混合是“公推直选”改革的先天缺陷，各地“公推直选”改革方案和操作就深受“党政不分”体制的影响。
        比如，在职位设置上，没有明确书记、副书记、委员等职位的权力和职责，基层党组织领导班子成员在地方或单位工作中的角色和作用，在事实上与行政领导相混同，从而难以对基层党组织领导班子成员任职的内在条件提出明确要求。从操作过程来看，往往又是以政务的要求来评价和取舍参选者。各地参选者无论是实地调研、发表竞职演说，还是接受现场提问和做出承诺，主要都是围绕政务而非党务来进行的，党员和群众也习惯于把“抓经济、抓项目”等对行政工作的要求移用到对基层党组织领导班子成员的选择上，注重参选者在发展经济方面的打算和承诺，而不太关注党的领导作用的发挥以及党风廉政建设方面的问题。
        由于党政权限不清、职责不明，一些地方借“公推直选”之机实现党政领导职务兼任、交叉任职或“书记组阁”（如四川省成都市新都区在乡镇党委“公推直选”的制度设计上，赋予了直选产生的乡镇党委书记提名乡镇党政领导班子人选的权力），其结果是具有了直接民意基础的书记，因个人权威上升反而在基层党组织内部受到的约束减少，而党政合一或赋予书记对党政领导班子人事的控制权，更是进一步强化了书记权力的集中程度。可见，党内外“海推”和党员直选形式虽然实现了书记权力合法性来源的转变，但没有能够解决权力制约问题。
        要改变党政职能混同对“公推直选”的负面影响，就必须科学、合理地界定“党”和“政”的职能、职权和职责。由于基层党政关系具有经验性和务实性的特征，因此，基层党政关系模式既要能够适应现实需要,又要能够制约和防范权力的集中，并能够实现对法理逻辑的遵循和规范制度的遵守。
        具体而言，在观念上，要廓清“党”和“政”的领导与管理关系，“党”的领导主要体现在引领“政”朝着一定的方向前进以实现预定目标，而“政”的管理主要是负责并促使某项工作达到预定目标。弄清了两者的区别，就可以明确“党”和“政”各自的工作着力点和侧重点，进而实现党政职能各自的相对独立以及在此基础上的互补、协调和统一。
        在制度和机制上，就要抓好基层民主决策程序的制定和集体领导制度的设计，特别是要制定“党政一把手兼任制”或党政交叉任职的角色规范和岗位职责要求，并确保其按照该职位的要求行使权力、履行职责；建立党政组织的工作协调制度，明确哪些性质的事务由党政组织各司其职，哪些性质的事务由党政组织共同研究实施，从而实现党政之间的良性互动。而对于在法理上存疑的“书记组阁制”，关键也在于要以党政权力结构的优化和书记法定权限的明晰为前提。“公推直选”改革只有与党政关系的转型结合起来，才能真正实现可持续发展，也才能真正巩固基层党组织的合法性基础，实现基层党组织政治资源和价值权威的再造。
        “公推直选”要求重新分解和架设基层权力结构
        “公推直选”包含着对原有的基层党组织内一些重要关系的冲击。从授权和责任关系的角度看，党内现有条例明文规定了党员大会与党代表，党代会与党委会，党委会与书记、副书记之间的授权关系，由此也形成了后者对前者的负责关系。但“公推直选”改变了原有的授权关系，不仅书记、副书记与党员大会之间具有选举授权的直接关系，而且由于党委成员也由党员大会选举产生，因而必然逻辑地产生书记、副书记到底是向党员大会负责还是向党委会、党代会负责，党委会是向党员大会负责还是向党代会负责的问题。相应地，基层党代会的作用及其去留、基层党组织集体领导原则的实行，便成为一个不得不面对的现实问题。
        由于目前“公推直选”的一部分基层党组织同时也是党代会常任制的试点单位，两者的分头并进已经引起组织内部的冲突，因此有必要将两者统筹起来寻找解决问题的方案。一种方案可以在实行“公推直选”的基层党组织撤销党代会，让党代会的权力回归党员，实现“权责统一”；另一种方案可以把基层党组织“公推直选”与直选党代表并发挥其作用结合起来，让普通党员拥有直选书记、副书记、委员和党代表的权力，党代表在联系党员、群众的基础上参与党委决策，评议甚至罢免基层党委班子成员，党委向党代会报告工作，并接受其质询和询问。
        比较而言，前一种方案虽然一步到位，但由于分散的党员意愿难以捉摸和缺乏权力制衡，因此反而有可能导致书记权力的高度集中。后一种方案则利用了体制空间，把“公推直选”与逐步完善党代会制度结合起来，既便捷，也能够比较好地贯彻集体领导原则，成本也低，因此更易取得成功。当然，对于党员人数少、规模不大、利益异质化程度不高的基层党组织，可以一步到位，但在制度设计和运作机制上要实现党员集体意志对基层党组织领导班子的制约。
        “公推直选”要求解决“对上负责”与“对下负责”的矛盾
        “公推直选”在原来“自上而下”的权威结构模式中引入了一个具有不同逻辑向度的“自下而上”的要素，使得原先具有“自上而下”特征的权威结构发生了某种程度的“裂变”，并导致“自上而下”与“自下而上”两种行为逻辑的矛盾与冲突。
        解决这种矛盾与冲突的方法无非两种。一是变革现行基层党组织的工作机制，明确规范基层党组织应具有的基本功能和职责，并逐级向上传导，对单一的自上而下的权力格局和领导体制进行改革，切实改变或减少上级部门一些不切实际的工作部署、目标责任、政绩评价标准，实现对上负责与对下负责的统一。二是在既定的权威结构内找到一种与“公推直选”授权关系相协调的方式。
        作为一种选择，后一种思路是在传统框架内考虑问题，其实践效果恐怕难以令人满意，而前一种思路则体现了改革创新的精神，它通过自下而上的推动力，实现体制和机制的创新，并促使干部转变角色定位和责任意识，将对上负责建立在对下负责的基础之上，从而在更高的层面上实现党的利益与人民利益的一致性，达到巩固党的执政基础、加强和改善党的领导的目的。
        综上所述，“公推直选”作为基层党内民主建设和党内选举改革的创新之举，其健全和完善既是一个循序渐进的过程，也是一个多方博弈的复杂过程。但正是这种矛盾和冲突的逐步暴露，为“公推直选”改革的进一步推进提供了空间和条件。“公推直选”一旦与基层权力结构的调整结合起来，必定会取得质的发展，并彰显其真正的价值。